Im Zentrum der Projektorganisation steht die Projektleitung, die alle wichtigen operativen Entscheide fällt und für die Evaluation der eingeleiteten Massnahmen zuständig ist. Die Projektleitung ist einer Steuergruppe verpflichtet, die vom Departementsvorsteher geleitet wird und um die strategische Steuerung der Schulharmonisierung besorgt ist.
In die Projektleitung integriert ist ein Projektstab, der die Projektleitung in Fragen des Rechts, der Finanzen und der Kommunikation unterstützt. Die Projektleitung stützt sich auf die Ergebnisse der Arbeitsgruppen, die in den Teilprojekten zur Vorbereitung von wichtigen Umsetzungsschritten eingesetzt werden.

Der Aufbau der Projektorganisation ist personell eng mit der Stammorganisation verknüpft, die auf allen Ebenen der Organisation in die Entscheidfindung eingebunden ist. Lehrpersonen, Schulleitungen, Eltern und andere vom Umbauprozess betroffene Interessengruppen können via Arbeitsgruppen den Einsitz in der Echogruppe und im Rahmen von Anhörungen auf den Harmonisierungsprozess Einfluss nehmen. Für die Schulraumplanung, das Stufenprojekt Gymnasium und die Gemeindeschulen wurden eigene Umsetzungsorganisationen geschaffen.

Die Regionale Zusammenarbeit findet sowohl im Rahmen des Bildungsraumes Nordwestschweiz als auch durch eine enge Zusammenarbeit der beiden Basel statt.